Die Saison 1998/99 der 1. Eishockey-Liga war die erste und zugleich letzte Spielzeit der Liga als dritthöchste Eishockeyspielklasse unter der DEL und der Bundesliga. Nach der Spielzeit wurde die 1. Liga durch die Wiedereinführung der Oberliga als dritte Spielklasse abgelöst. Bereits vor der Saison zog sich der ESC Salzgitter aus der Liga zurück, sodass schließlich im Süden zehn und im Norden 12 Teams starteten. Meister wurde der REV Bremerhaven, den Aufstieg in die 2. Bundesliga schafften allerdings der SC Bietigheim-Bissingen und der EC Wilhelmshaven. Die frei gewordenen Plätze wurden von den Zweitliga-Absteigern TSV Erding und Crocodiles Hamburg eingenommen. In die Regionalliga absteigen mussten der EV Landsberg und Eintracht Braunschweig.

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